岛田学校大暴走，让人类和寄生兽的共存设想彻底破灭。泉新一（染谷将太饰）的人生遭受巨变，他和里美（桥本爱饰）似乎也因此事件出现隔阂。另一方面，田宫良子（深津绘里饰）在生下孩子后心境渐渐发生变化，她设法令同伴以和平的方式融入人类世界，但是东福市市长广川刚志（北村一辉饰）则授意后藤（浅野忠信饰）等寄生兽中的死硬派抹杀新一、小右（阿部隆史配音）以及试图曝光寄生兽存在的自由记者仓森（大森南朋饰）。双方的战斗逐渐升级，全副武装的警方开始冲击广川盘踞的市政府，而新一和良子则将再次迎来生命的巨大考验……

人类对外太空文明好奇且恐惧，也拍出了形形色色的电影。要么，外星生命很厉害，强过我们很多，而且具有入侵性，这样地球人就需要和它们干一架，将它们赶回去。要么它们有爱又友善，与地球人相安无事。

《寄生兽》里外星人的意见分为了两拨，一拨自然是入侵，本就是野性好斗的种族，而且必须寄生在人体内，寄生后的身体强过地球人很多，以吃人为生，按这一拨的计划，入侵越来越多的人体，吃越来越多的人，逐渐把人类代替掉就是了。另一拨可能属于所谓的亲和派，希望在地球上安营扎寨，又不想搞得太野蛮，就有了与地球人共生的概念。

亲和派的头目良子是一个很复杂的角色，她具有几乎最优异的战斗能力，打打杀杀并不是问题，而设定上她又拥有很厉害的智慧，所以她想到了共生的策略。她很隐忍，为了共生她不吃人类而吃人类的食物（想想肉食动物转吃蔬菜），为了共生她可以不惜与人类产下一子并在生死关头选择自己死而让孩子活下去。因为也许只有她想清楚了，即使寄生生物能力拔群，相对于地球人却仍是渺小的一群。所以她才会说出，“我们其实是很脆弱的”这样在电影那个时间段内听起来有些突兀的对白。共生可能是更优的一个选择，而共生，则意味着融入。

这里的“融入”应该是基于弱势群体的语境，融入却是单向的。寄生兽想要共生，必须强迫自己习惯人类的饮食，要工作、要赚钱、要生活，人类却不需要改变。或者用更强硬的逻辑去解释，人类能够让你寄生兽生活在原本只属于人类的家园已经是巨大的付出了，还要怎样？所以“你们”必须来融入“我们”。而如果不融入，则很容易被歧视，被视为异类，难以生存下去。所以共生从某种程度上来说是一种妥协，弱势的一方需要抛却、隐忍、迎合，强势的一方在道德上避开政治不正确。

电影的最后，世界重归和平，观众有被暗示寄生兽仍存在于社会里。然而我却很担心，电影完结之后的部分，当寄生者们又成长到某一种程度，长久的妥协会不会犹如老化的封印慢慢失去效果导致新的冲突，一如西方文明之于伊斯兰的摩擦呢？