2285年的今天，联邦星舰企业号在与可汗的战斗中受损，返回地球的太空港进行维修。柯克还在为斯波克的死而悲伤。麦考伊医生在各种异常行为后被送往医院接受精神检查，比如擅自闯入斯波克原来的小屋，毫无根据和不切实际的胡言乱语，或者胡说八道。斯科蒂被重新分配到联邦星舰奋进号。星际舰队司令部已经对新成立的创世纪之星下达了禁令。柯克被告知企业号即将退役。Spock的父亲Sarek找到了Kirk，并告诉他Spock的尸体必须归还给Vulcan，否则他的灵魂将无法安息。萨雷克要求柯克必须回到创世纪取回斯波克的棺材，并把它带回瓦肯星，而斯波克在死前与麦科伊进行了心灵融合，所以麦科伊和斯波克的灵魂也必须去瓦肯星。然而，星际舰队拒绝让过时的企业号离开太空港。麦科伊从医院出来后听到了这个消息，他试图招募一艘船返回创世纪。他在一次争吵中被捕，但这并没有影响整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌胡拉和契科夫的帮助下，麦科伊逃了出来，登上了废弃的企业号。为了避免被追击，斯科蒂还破坏了奋进号的发动机。冒着毁掉一生事业的危险，六个合伙人驾驶着企业号来到了创世纪。与此同时，克林贡人得知了创世计划和创世之星。由于担心联邦会将其改造成一种新武器，克鲁格舰长率领一艘克林贡猛禽战舰捕获或摧毁了这种战略武器。在联邦星舰格里索姆号上，大卫·马库斯博士和莎维船长正在创世纪的轨道上进行科学观测。在好奇心的驱使下，他们很快就在地面上发现了生命形式。

仍是那句话，如果想看奇观化的视效或者跌宕起伏的故事，那还是不要选择「星际迷航」系列为好，这些元素绝非此系列所能提供的。补到第三部，更加坚定了这个观点。看着影片中显得十分「拙劣」与「幼稚」的特效和打斗，再联想到同年上映的《终结者》，这方面的优劣判若云泥。然而，「星际迷航」的魅力却并不在此。第三集中的两大核心内容「史波克」以及「创世星」都和上一集紧密衔接，同时这两个内容又彼此有着交集，史波克为救进取号牺牲后的遗体被留在了创世星上。因此第三集的情节还是十分紧凑的，环环相连，承袭了第二集在娱乐性方面的优点。「创世星」是第二集留下的一个科幻噱头，亦即通过一个能够无限分裂的原子，在短时间内将一个无机星球改造成适合动植物生存的有机星球。这项技术的发明，无论对于星际探索还是星际殖民都具有极高的实际价值。正因为如此，「创世技术」成了许多人觊觎的目标，包括上一集的可汗与这一集的克林贡人。然而，「创世星」却在本集中以毁灭而告终。事实上这个结果并不令人意外，在观看第二集时，我就对这项技术抱有疑虑，这种颠覆规律、追求速效的走捷径模式是与科学精神相违背的。其实在现实生活中这样的事例也是屡见不鲜的，最常见的一个例子便是各种快速减肥产品，不知欺骗了多少心存取巧心理的大众。如果说「创世星」喻示着科学研究的严谨性以及一旦失败后的严重后果，那么在「史波克复活」一事中则展现出了宇宙的神秘与不可预知。人死之后灵魂与肉体的归宿是从古至今始终困扰着我们人类的一个命题，影片用一个象征性的招魂仪式来表现史波克的死而复生，虽然简单，却也起到了神秘化、玄学化的作用——不是任何事物都能给出科学意义上的解释的。宇宙是一个值得敬畏的存在，不仅浩瀚无垠，也包罗万象，虽有用目前的科学能够解释的现象，但更多的仍是未知。今人的智慧是有限的，宇宙却是无限的，这便又回到了「星际迷航」系列的母题：需要一代又一代的人去不断探索宇宙，寻找文明，散播和平与理解。